Nel museo, sotto le caratteristiche volte a crociera e tra le simmetriche colonne che lo sorreggono, sono esposti al pubblico 54 codici, cioè la parte più cospicua dei codici superstiti della Libreria di San Giacomo della Marca.
Altri codici si trovano in diverse biblioteche italiane e straniere, molti sono andati dispersi. Quasi tutti risalgono al XIV-XV secolo ed uno al IX-X secolo.
Molti codici sono mirabilmente miniati e i quattro autografi contegono prediche e sermoni che ci fanno conoscere il pensiero e la cultura del Santo. Sono presenti inoltre opere di S. Bonaventura, di San Giovanni Damasceno, di Seneca, di Boezio, di Cicerone, di San Gregorio, di S. Agostino, di Scoto, di Aristotele, etc., una lettera autografa del Santo a S. Giovanni da Capestrano, cataloghi di varie epoche, documenti inerenti la libreria e le antiche pergamene medievali del castello di Monteprandone.

    San Giacomo istituì nel Convento di Santa Maria delle Grazie di Monteprandone una ricca 'libreria', o raccolta di libri per l'istruzione dei religiosi del suo stesso paese, dei confratelli delle Marche e di quanti avessero sentito, come lui, lo stimolo degli studi. I codici contegnono: Sermoni, Collazioni, Compendi, Cronache, Decreti, Dialoghi, Dominicali, Dissertazioni, Epistole, Glossari, Laudi, Letture, Monografie, Quadrigesimali, ecc. Non mancano opere ed autori di storia romana, autori di letteratura classica, opere di letteratura italiana, opere di letteratura cristiana. Su alcuni di questi codici si legge ancora la dichiarazione con cui San Giacomo rendeva nota la persona che glieli aveva regalati o venduti, il costo ed il luogo di destinazione
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    San Giacomo era molto attaccato ai suoi libri e nutrendo dubbi circa la loro conservazione, scrisse a Papa Pio II, affinché autorizzasse frate Domenico da Leonessa, Francesco da Casteldemilio e Onorio da Ancona alla conservazione della sua libreria presso il Convento di Monteprandone. Il Papa alla richiesta del Santo, rispose il 4 dicembre 1462, con una Bolla, in cui dettò norme precise per la custodia della Biblioteca definita tra le più importanti per il numero e la qualità di opere e minacciò di scomunica chi le avesse sottratte.

    Dopo la morte del Santo, la Biblioteca continuò ad arricchirsi di nuovi libri fino a raggiungere il numero di 700-800 volumi. Ben presto seguì il tempo dell'abbandono e non valse né la Bolla di Pio II, nè la scomunica a preservare la Libreria dalla dispersione, dovuta all'incuria dei frati e alla poca sollecitudine dei volumi dati in prestito. Nella seconda metà del XVIII secolo, furono trafugati la maggior parte dei codici; solo molti anni dopo, l'11 luglio 1784, se ne riparlò in una adunanza del Consiglio Comunale di Monteprandone, con il proposito di richiederli al Consiglio Generale dell'Ordine, ma senza successo. Non tutti i codici per fortuna, furono trafugati. Quelli rimasti, come apprendiamo da un documeto del 21 luglio 1786, erano custoditi, insieme alle reliquie di San Giacomo e San Giovanni da Capestrano, nella Chiesa di Santa Maria delle Grazie (Cappella dedicata al Santo), chiusi in una cassa, a sua volta racchiusa in una credenza a muro, '... guardata da due chiavi, una delle quali era in possesso del padre guardiano, l'altra del magistrato pro tempore di Monteprandone'.

    Ma la travagliata storia dei Libri di San Giacomo non finisce qui. Nel 1841 i codici superstiti, fra le proteste dei frati, della popolazione, delle autorità locali e del padre provinciale, 'in forza d'ordine superiore' (cioè della Segreteria di Stato del Vaticano), furono mandati a Roma. L'ostinatezza dei Monteprandonesi nel reclamarli, indusse Papa Gregorio ad ordinarne la restituzione. Il 3 gennaio 1843, 60 volumi ed una lettura di San Giacomo e San Giovanni da Capestrano, incollata su una tavoletta, furono da padre Giovanni da Rapagnano, riconsegnati al padre provinciale Domenico da Recanati e alla magistratura di Monteprandone. Dopo la soppressione degli Ordini Religiosi, il Convento e la Chiesa di Santa Maria delle Grazie, oltre ai 61 codici, divennero proprietà del Comunne di Monteprandone.